I 1999 opprettet regjeringen et eget fond for forskning og nyskaping for å sikre en mer stabil og langsiktig offentlig finansiering av norsk forskning. Midlene ble skaffet til veie gjennom salg av statlige aksjer. Fondskapitalen var i 2005 på 36 milliarder kroner. Avkastningen går til å styrke de strukturelle prioriteringene, internasjonalisering, grunnforskning og forskningsbasert nyskapning og innovasjon, og de langsiktige delene av de tematiske prioriteringene, se nedenfor. Fondsmidlene skal også benyttes til nye tiltak for å bedre kvaliteten i norsk forskning.
Energi og miljø
Norge har en omfattende verdiskaping og en sterk internasjonal posisjon innenfor både olje, gass og vannkraft. Norge er verdens tredje største oljeeksportør, og petroleumsnæringen er vår største næring målt i verdiskaping. Norsk vannkraftkompetanse regnes for å være verdensledende. Likeledes er Norge langt fremme når det gjelder gasskraft med CO2-håndtering, bruk av hydrogen som energibærer og innenfor enkelte nisjer av fornybar energi. Norge har i tillegg sterke miljøer innenfor miljøforskning. Det er således grunnlag for at Norge kan være en ledende nasjon og et attraktivt vertsland for forskning på området energi og miljø. En samlet satsing på energi vil forene nåværende satsing på forskning i skjæringsfeltet mellom energi og miljø med økt satsing på petroleum. Det vil si en satsing som både retter seg mot å øke verdiskapingen fra eksisterende energikilder, og som bygger opp kunnskap for utvikling og bruk av nye og miljøvennlige energikilder, samt metoder og teknologi som kan bidra til mer effektiv bruk av energi. Viktige områder i en slik satsing vil være petroleumsutvinning, klimaforskning, utvikling av bærekraftige energisystemer, gasskraft med CO2- håndtering og hydrogen som energikilde. Videre er det behov for kunnskap om energimarkeder, klimapolitikk og andre samfunnsmessige forhold som påvirker utvikling og bruk av energi. Satsingen vil trekke veksler på forskning innenfor teknologiområdene IKT og nanoteknologi.
Mat
Norge er en av verdens største eksportører av sjømat. Videre utgjør næringsmiddelindustrien landets største industrisektor målt i antall sysselsatte. Legger man til varehandelen og hotell- og restaurantnæringen, finner man at produksjon, distribusjon og salg av mat utgjør en sentral del av norsk næringsliv. Men ny kunnskap og nye kombinasjoner av kunnskap er nødvendig for å utnytte potensialet i matvareproduksjonen. Forskning har vært en helt sentral faktor bak utviklingen av dagens havbruksnæring, og økt forskningsinnsats vil være nødvendig for å utnytte ressursene også i fremtiden. Innenfor landbruk har Norge også fortrinn som kan utnyttes bedre, bl.a. når det gjelder avlsforskning og bruk av nasjonale registre for dyrehelse. Det er et stort uutnyttet potensial for synergier mellom marin og landbasert matproduksjon. En samlet satsing på forskning på mat vil i større grad åpne for å utnytte synergieffekter mellom havbruk, landbruk og næringsmiddelindustri. I tillegg til forskning rettet mot matvareproduksjon vil satsingen omfatte forskning for foredling, salg og eksport av matvarer, matvaretrygghet, IKT og nanoteknologi, handelspolitikk og internasjonale rammebetingelser for matproduksjon.
Hav
På dette området har Norge betydelige fortrinn både når det gjelder geografisk beliggenhet, tradisjoner og sterke fagmiljøer. Norske kyst- og havområder rommer store naturverdier og utgjør samtidig grunnlaget for betydelig verdiskaping. Økt kunnskap om de marine økosystemene og hvilke inngrep de tåler er nødvendig for å sikre en bærekraftig forvaltning av marine ressurser. I tillegg til olje og gass og fiskeri og havbruk har Norge en betydelig verdiskaping innenfor den maritime næringen. På dette området har Norge en sterk internasjonal posisjon, og maritime næringer står for nærmere halvparten av norsk tjenesteeksport. Næringen er utpreget kunnskapsbasert og vil kreve økt forskningsinnsats på flere områder, fra grunnleggende materialvitenskap til avanserte tjenester innen IKT. Satsingen på hav vil både rette seg mot bruk, overvåking, forvaltning og utforsking av havets ressurser og muligheter. Aktuelle områder vil bl.a. være havforskning, klimaforskning og forskning rettet mot maritim sektor. Satsingen vil ha relevans for nordområdene generelt, og spesielt for økt utnyttelse av Svalbard som forskningsplattform.
Helse
Norge har både nasjonale fortrinn og sterke fagmiljøer innenfor medisinsk og helsefaglig forskning. Gode helseregistre og store befolkningsbaserte helseundersøkelser har gjort at Norge er ledende innenfor forskning på folkehelse og årsaks- og risikoanalyser. Norge har også miljøer som holder et høyt nivå i medisinsk teknologi, nevrobiologi, kreftforskning og forebyggende helse. Med et godt utbygd offentlig helsevesen er Norge også et attraktivt land for utøvelse av klinisk forskning. Norge har i tillegg et ansvar for å bidra til mer forskning rettet mot sykdommer som rammer utviklingslandene Klinisk forskningskompetanse er viktig for å sikre en kunnskapsbasert pasientbehandling av høy kvalitet. En god og effektiv helsetjeneste forutsetter også forskning innen helseøkonomi og organisering. Videre skal Norges engasjement innenfor global medisinsk og helsefaglig forskning styrkes betydelig. Satsingen skal også bidra til å bygge opp nødvendig kunnskap om minoritetshelse.